براي درک درست کارآمدي عملي نظام جمهوري اسلامي توجه به چند نکته ی کلیدی ضروری است و بی توجهی به هرکدام از این موارد سبب خواهد شد تا تحلیلی سطحی، ناقص و یا غلط از کارآمدي عملي نظام جمهوري اسلامي پدید آید:

1. در تحليل کارآمدي يک نظام سياسي، وجود برخي قوت‌ها و ضعف‌ها در برخي حوزه‌ها را نبايد به کل آن نظام سرايت داد؛ بلکه قضاوت در خصوص ميزان کارآمدي يک نظام سياسي، بايد متناسب با قوت‌ها و ضعف‌هايي باشد که در هر يک از آن حوزه‌ها وجود دارد و در تحليل ميزان کارآمدي يک نظام، بايد قوت‌ها و ضعف‌هاي کليۀ حوزه‌هاي مربوط به آن نظام سياسي را ملاک ارزيابي قرار داد. 

بنابر اين دفاع از کارآمدي نظام جمهوري اسلامي، بدين معنا نيست كه هيچ نقيصه و تخلفي در اين نظام وجود ندارد؛ بلکه بدين معناست که به رغم برخي مشکلات، نقايص و موانع، نظام جمهوري اسلامي توانسته است از ظرفيت‌ها و استعدادهاي جامعۀ اسلامي، در حد معقول، به ‌منظور تحقق اهداف والاي آن استفاده کند. همچنين بايد توجه داشت که حکومت اسلامي، مفهومي مشکک و ذومراتب است که بهترين شکل آن با کمترين نقايص، در زمان حضرت حجتأ محقق خواهد شد؛ اما تا پيش از آن، بايد به مراتب ديگري از حکومت اسلامي تن داد که هرچند مشکلات و نقايصي در آن به چشم مي‌خورد، وجود آنها مي‌تواند به‌تدريج زمينه‌ساز ارتقا و رشد جامعة اسلامي و در نتيجه شكل‌گيري حكومت اسلامي با شرايط مطلوب‌تر گردد؛

2. بر اساس آنچه پيش‌تر بيان شد، در تحليل کارآمدي نظام جمهوري اسلامي، هم بايد به اهداف توجه داشت، هم به ابزارها و امکانات نيل به آن اهداف، و هم به موانع داخلي و خارجي تحقق آن اهداف. توجه به اين سه مؤلفه، تحليل جامع و علمي از کارآمدي نظام جمهوري اسلامي را امكان‌پذير خواهد ساخت؛

3. در تحليل کارآمدي نظام جمهوري اسلامي، نبايد چنين قلمداد شود که تمام تحولات در جامعه، تابع عملكرد حكومت است؛ زيرا حکومت، علت تامة مصالح و مفاسد جامعه نيست و عوامل مختلفي در كارند که كنترل آنها در اختيار حکومت نيست. پس براي تحليل ميزان کارآمدي نظام جمهوري اسلامي، بايد ميزان سهم آن در سرنوشت جامعه را مشخص کرد. در اين صورت، اگر حکومت در آن سهمي که مي‏تواند داشته باشد، درست عمل کرده باشد، کارآمد است؛ هرچند جامعه همچنان با آفت‌ها و آسيب‌هاي فراوان ديگر روبه‌رو باشد؛

4. در تحليل کارآمدي نظام جمهوري اسلامي، هم بايد به دستاوردهاي ملموس و عيني توجه داشت، هم به دستاوردهاي غير ملموس؛ زيرا دستاوردهاي غير ملموس فراواني در كارند كه بسي ارزشمندتر از دستاوردهاي محسوس‌اند؛ ولي چون ملموس نيستند، ديرتر به چشم مي‌آيند يا گاهي به‌کل مغفول مي‌مانند. آثاري که تابع افزايش معنويت در سطح جامعه‌اند، از این قبيل‌اند؛ چراکه آثار امور معنوي، نسبت به امور ديگر، ناملموس‌ترند؛

5. در تحليل مؤلفه‌هاي کارآمدي نظام جمهوري اسلامي، بايد روند کلي را در حوزه‌هاي مختلف در نظر گرفت و از تحليل نقطه‌اي پرهيز کرد؛ بدين معنا که ممکن است نظام جمهوري اسلامي، در مقاطعي دچار فراز و نشيب‌هايي شده باشد و اين گونه نبوده که در تمام حوزه‌ها و همواره، روند تکاملي طي کرده باشد؛ بلکه ممکن است در مقاطعي، در برخي حوزه‌ها، به دليل وجود پاره‌اي عوامل داخلي و خارجي، دچار آفت و آسيب شده باشد. لذا براي تحليل کارآمدي نظام جمهوري اسلامي، بايد ديد در هر يک از حوزه‌ها، به ‌طور کلي، روند، مثبت بوده است يا اينکه سير نزولي بر آن عرصه‌ها حاکم بوده است. ادعا اين است که هرچند در مقاطعي فراز و نشيب‌هايي در روند تکاملي نظام جمهوري اسلامي پديد آمده، حرکت کلي، رو به جلو بوده است و نظام جمهوري اسلامي در تمام حوزه‌هاي اقتصادي، سياسي و فرهنگي، در مسير ترقي و پيشرفت قرار داشته است؛ 

6. کارآمدي يک نظام سياسي به معناي نبود هيچ گونه آسيب و تهديد در هيچ يک از عرصه‌هاي حکومتي و شکل‌گيري مدينۀ فاضله نيست؛ بلکه اگر يک نظام سياسي، ظرفيت‌هاي پيشرفت به سمت تحقق اهداف را فراهم آورَد و در عمل نيز جهت حرکتش به سمت اهداف تعيين‌شده باشد، نظامي کارآمد خواهد بود. از اين رو، کارآمدي نظام جمهوري اسلامي، به معناي ناديده انگاشتن ضعف‌ها و نقايص نيست؛ همان گونه که وجود موانع و آسيب‌هايي در حکومت کارآمد نبي مکرم اسلام، حضرت اميرالمؤمنين و امام حسن مجتبي قابل درک است. کارآمدي عمليِ مطلق حکومت، تاکنون در تاريخ بشر سابقه نداشته است و پس از اين نيز تحقق نخواهد يافت.